Em 12 de Novembro de 1288, vários eclesiásticos do reino dirigem uma petição ao papa Nicolau IV, a fim de ser instituído em Portugal um Estudo Geral. Esta petição encontra-se no Livro Verde - cartulário universitário do século XV. Em 1 de Março de 1290 D. Dinis funda, em Lisboa, a Universidade Portuguesa. Em 9 de Agosto de 1290 o papa Nicolau IV confirma por bula a criação da Universidade.

O documento pontifício dirigido à "Universidade dos mesteres e seculares de Lisboa", determinava que podiam ser ensinadas na Universidade todas as "faculdades lícitas" (licite facultatis), com excepção da Teologia. A determinação excluía automaticamente a prática da magia, da nigromância e artes afins.

As primeiras faculdades a constituírem-se foram as de Artes, Leis, Cânones e Medicina. Aí se começou a ensinar o Direito Civil, o Direito Canónico, a Gramática, a Lógica, a Filosofia Natural e a Medicina. Alguns autores dizem-nos que na Universidade se ensinavam as disciplinas do quadrivium, desde a sus fundação e que estas disciplinas eram genericamente designadas de "artes", visto haver um texto (apenas um) em que a palavra aparece. Fala-se também de um documento de meados do século XIV que parece relacionar-se com a Universidade, e de uma alusão ao quadrívio que aparece no instrumento de doação de umas casas que o infante D. Henrique doou ao Estudo Geral em 1431. Nesta doação refere-se a Geometria, a Astronomia, a Aritmética e a Música como disciplinas instaladas que o infante desejaria ver florescer. Não há documentos que refiram o ensino destas disciplinas antes da doação, nem que elas tivessem sido posteriormente ensinadas com carácter de continuidade. Há motivos para efectivamente se julgar o carácter esporádico do ensino das disciplinas indicadas na doação, tanto mais que na centúria de quatrocentos apenas se conhece um lente em Matemática, João Galo, aparecido em documentação avulsa de 1437 (História da Universidade de Coimbra de Teófilo Braga, vol. I, pg., 188) e não existe nenhum astrólogo da Universidade entre os convocados para colaborar nos trabalhos náuticos.

Em 1308 o papa Clemente V autoriza a transferência da Universidade de Lisboa para Coimbra. Ficou instalada no espaço onde hoje se encontra a Biblioteca Geral e antes de 1950 estava o Colégio de S. Paulo e chamava-se Estudo Geral Dionisiano ou Estudos Velhos Dionisianos. Provisão datada de 6 de Dezembro de 1334 ordena a transferência da Universidade para Coimbra. Em 1354 foi trasladada de Lisboa para Coimbra. Em 1377 a Universidade traslada-se para Lisboa. O regente do Reino D. Pedro, duque de Coimbra decreta, em 1433, a criação de um novo Estudo Geral em Coimbra. Em 1537 muda-se definitivamente de Lisboa para Coimbra. Dá-se então a transferência para o velho Paço Real da Alcáçova e faz-se a reforma dos estudos. Foi esta decisão que mais beneficiou Coimbra e que, poderá dizer-se, entronca as suas origens na criação de 50 bolsas para escolares portugueses no Colégio de Santa Bárbara de Paris. Mas o grande momento indiciador e precursor da criação dos Estudos Gerais, foi o empenho que manifestou em reformar os estudos no Mosteiro de Santa Cruz, confiando esse trabalho a Fr. Brás de Barros. O Prof. Mário Brandão diz-nos que esta reforma dos estudos do Mosteiro constituiria o prólogo da reforma da Universidade.

Pensa-se que D. João III já tinha em mente a mudança da Universidade, após um possível conflito entre o monarca e a Universidade de Lisboa, por esta não o ter eleito seu protector quando da sua subida ao trono em 19 de Dezembro de 1521. O monarca chegou a admitir a transferência do Estudo para Torres Vedras, o que não foi aceite pelos edis locais. A colocação dos estudos na cidade de Coimbra veio trazer mais dinamismo à Universidade, com a vinda de mestres portugueses formados em Salamanca, Paris e Alcalá de Henares.

Em Março de 1537 D. Garcia de Almeida, reitor, ofereceu as casas que tinha junto às portas de Belcouce, para aí se estabelecerem as aulas de Medicina, Jurisprudência e Decretais. D. João III passa os estudos de Medicina para o Mosteiro de Santa Cruz "porque aos estudantes de Física é muito proveitoso e necessário ouvirem Artes e Filosofia e terem exercício de letra com os filósofos".

Em 24 de Setembro os paços reais, também conhecidos pela designação de paços das Alcáçovas ou paços d'el-rei, são cedidos por D. João III para neles se estabelecer a Universidade. Inicia-se então um período de apogeu da cultura portuguesa, mais de acordo com os cânones do renascentismo florescente. Continua o combate ao marasmo iniciado no dois reinados anteriores.

D. João II e D. Manuel iniciaram a renovação com a chamada de alguns professores estrangeiros de nomeada ao mesmo tempo que proporcionavam subsídios pecuniários aos portugueses que pretendessem ingressar em centros culturais estrangeiros.

D. João III obrigou a Universidade a grandes transformações no sentido da aproximação com o ensino das melhores universidades europeias. foram exonerados muitos professores, sendo transferidos para Coimbra apenas os que o rei tinha como bons. Vieram muitos mestres do estrangeiro. Entre eles podemos citar: Martinho de Azpilcueta vindo de Salamanca graças à intervenção de Carlos V. Em 4 de Fevereiro de 1538 Manuel de Castro obtém a primeira licenciatura concedida pela Universidade. Entretanto cria-se uma grande animosidade entre os professores da Universidade e os do Colégio das Artes por serem de escolas e formação diferentes. Uns de formação parisiense e outros bordalesa, abrem várias frentes de discussão que levam à prisão de Diogo de Teive, Buchanan e João da Costa, acusados de heterodoxos pela Inquisição. As acusações de heresia e o processo inquisitorial que se seguiu afugentaram os melhores mestres da Universidade. "Os Jesuítas, que tomaram então a direcção do Colégio, iniciaram o único movimento intelectual da Universidade que durante os séculos XVI e XVII teve alguma audiência na Europa: o da chamada "escola de Coimbra"" (Luís de Albuquerque in Dicionário de História de Portugal). As edições e comentários de Aristóteles ainda hoje são apreciadas. Mas a escolástica aparecia fora de tempo, não havia condições para o seu "renascimento", numa altura em que pela Europa se erguiam figuras, no campo da ciência e da filosofia, como Copérnico e Galileu. No dia 4 de Novembro de 1555 a Universidade passa a selar os documentos com o selo de prata que recebeu nesse dia.

A reforma de 1559 relega a Matemática para um lugar secundário do curso de Artes. Os estatutos passam a prever apenas umas breves Mathematicas, comuns, de Arismetica, Geometria, Perspectiva.

Em 25 de Fevereiro de 1581 Filipe II declara-se protector da Universidade e exige 30 mil cruzados pela cedência dos Paços das Alcáçovas.

Em 17 de Maio de 1597 emite alvará de venda dos Paços Reais e em 16 de Outubro do mesmo ano faz carta de venda pela quantia de 30 mil cruzados. A língua latina usava-se na maioria das aulas. O ano lectivo decorria entre o princípio de Outubro e o termo de Julho. As aulas eram diárias com a duração de uma hora, excepto as lições de prima que tinham a duração de hora e meia. Os jesuítas e a escolástica contribuíram para a decadência da Universidade que entrou em agonia lenta. O ensino das disciplinas reflectia essa agonia pela impermeabilidade com que o progresso das ciências na Europa era depurado e ocultado. O Compêndio Histórico (1771), denuncia com extrema violência a "derrocada" da Universidade e origina acesas polémicas.

No século XVII fazem-se bastantes contratos de técnicos estrangeiros, o que significa que a Universidade não estava a cumprir a sua missão de formar homens capazes de dirigir nos diferentes ramos de actividade. Tendo como precursor o Verdadeiro Método de Estudar, apresenta razões para um ensino com base experimental. Aliás, a reforma de 1772 fica a dever-se à ignorância que os escolares tinham do iluminismo. Já Verney se queixava e deixou-nos vários exemplos como o caso da Faculdade de Medicina em que a anatomia humana era ensinada através da dissecação de carneiros, quando a pequena reforma de 1559 já previa a dissecação com cadáveres fornecidos pelo Hospital. A reforma da Universidade empreendida por Pombal é o culminar da sua acção governativa dedicada à revalorização do ensino no País a partir de 1759. Toda a estrutura da Universidade foi modificada. As Faculdades ficam assim discriminadas:- Teologia, Direito Canónico, Direito Civil, Medicina, Matemática e Filosofia. São criadas novas cadeiras e actualizadas outras, recorrendo-se a professores estrangeiros quando os não havia competentes em Portugal. O programa foi cumprido em boa parte e á assim que aparece o Laboratório Químico, o Jardim Botânico, o Gabinete de Física e Observatório Astronómico, que iniciaram uma nova forma de ensinar e de experimentar.

Para dar formação de base acerca das matérias professadas aparecem, pela primeira vez, os compêndios. Só a partir de 1911, com o início da República, se vieram a criar as Universidade de Lisboa e Porto.

Em 29 de Janeiro de 1988 a Universidade adquire terrenos para a instalação do Polo II, entre a Boavista e o Pinhal de Marrocos.

A Universidade é a maior empregadora do concelho de Coimbra, oferece empregos bem remunerados e seguros e contribui, mais que qualquer outra instituição, para a manutenção de uma percentagem elevada de postos de trabalho locais no sector privado. Está também directamente ligada ao aparecimento e manutenção de centenas de postos de trabalho especializado em parcerias ou com a criação de associações privadas, institutos de investigação e outros, em diversas áreas como a ciência e tecnologia, o direito, a economia, a farmácia e a saúde. Karl Heinz Delille faz esta síntese da Universidade no n.º 2 da revista Atlantis: "Durante séculos, a Universidade de Coimbra ocupou um lugar central na vida pública e privada portuguesa.

Polo II da UC

Os momentos altos e baixos por que o País passou, os períodos áureos e as épocas de crise, reflectiram-se na Universidade - e também na cidade que lhe deu corpo. Aos grandes períodos de abertura de espírito, progresso científico e intercâmbio de professores e escolares, artistas e mestres de obras, deveu-se o espírito universalista, apanágio da tradição universitária de Coimbra".